Actualmente, la falta de movimiento es una de las principales causas del exceso de peso corporal en escolares, afectando su salud física y mental. El objetivo de esta investigación fue comparar la coordinación motora, calidad de vida percibida y el Índice de Masa Corporal entre escolares que participan en actividades deportivas extraescolares (GDEP) y aquellos que solo participan de clases de educación física (GEFI). Participaron 252 escolares chilenos (83 mujeres y 169 hombres; 11.5±0.7 años). La Calidad de vida percibida se evaluó con el cuestionario KIDSCREEN-27. La coordinación motora (CM) se evaluó con la batería de Körperkoordinations test Für Kinder (KTK). Además, se midió la talla y peso corporal. Se calculó el Índice de Masa Corporal (IMC). Los resultados mostraron que los escolares del GDEP obtienen mejores rendimientos en CM que los del GEFI (p<0.05) tamaño del efecto (TE) moderado (d= 0.28 a 0.45). En Calidad de vida percibida, hubo diferencia significativa, en la dimensión “Actividad física y salud” (p<0.01), TE moderado (d= 0.52). Asimismo, se observaron mejores valores para GDEP en Peso Corporal (p<0.05) e IMC (p<0.01), con TE moderado (d= 0.30 y 0.28; respectivamente). Además, en GDEP los Normopeso presentaron mejores resultados en CM que aquellos con Obesidad (p<0.05). En el GEFI, los Normopeso obtuvieron mejores valores en equilibrio a la retaguardia, saltos monopedales, total test KTK y en la percepción de “Actividad Física y salud” (p<0.05). Se concluye que los escolares que participan en deportes extraescolares presentan mejor CM, percepción de bienestar físico y salud, Peso Corporal e IMC. Además, los escolares con obesidad muestran déficit en CM y menores niveles de percepción de calidad de vida en actividad física y salud.